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上場株式等の配当所得等や譲渡所得等について、これまでは所得税と個人住民税において異なる課税方式が選択できましたが、金融所得課税は所得税と個人住民税が一体として設計されてきたことなどを踏まえ、令和6年度個人住民税(令和5年分の所得税確定申告)から、所得税と課税方式を一致させることとなりました。(令和4年度税制改正)
そのため、所得税で申告不要とした場合は、個人住民税でも申告不要となり、所得税で総合課税および分離課税で申告を行った場合は、個人住民税においても、総合課税および分離課税で申告したこととなり、所得税と個人住民税で異なる課税方式を選択することができなくなります。
所得税の確定申告において、上場株式等の配当所得等や譲渡所得等を申告すると、個人住民税でも、合計所得金額や総所得金額等に算入されることになります。
そのため、扶養控除や配偶者控除の適用、非課税判定、国民健康保険税や後期高齢者医療保険料、介護保険料などの算定や、各種行政サービスに影響が出る場合がありますので、ご注意ください。
また、所得税の確定申告において、それぞれの課税方式(総合課税、分離課税、申告不要)で申告した場合、その後の修正申告等によりその選択を変更することができません。
(参考:国税庁ホームページ)確定申告で申告しなかった上場株式等の利子および配当を修正申告により申告することの可否<外部リンク>